Reklam
Sağlık Ve Spor Haberleri

Atık su epidemiyolojisi, SARS-CoV-2 varyantlarının dolaşımını izlemeye yardımcı olabilir mi?

reklam
Reklam


2019 koronavirüs hastalığının (COVID-19) etken maddesi olan şiddetli akut solunum sendromu koronavirüs 2 (SARS-CoV-2) ile ilgili geniş endişeler, virüsün yüksek bulaşma ve hızlı mutasyonunun ardından gündeme geliyor. Yakın geçmişte, bilim adamları genomik epidemiyolojiyi kullanarak bazı hızlı yayılan ve oldukça öldürücü SARS-CoV-2 varyantları tespit ettiler ve bu da dizileme analizlerinin öneminin altını çizdi. Bu VOC’lerin kalıpları ve bolluğu (endişe verici varyantlar), COVID pozitif hastalardan alınan klinik örneklerden incelenmiştir.

Atık su bazlı epidemiyoloji (WBE) tipik olarak evsel atık sudaki farmasötik ilaçlara odaklanmış olsa da, artık SARS-CoV-2’nin sirkülasyonunu ve dinamiklerini topluluk düzeyinde izlemek için ortaya çıkan bir araçtır. WBE, bildirilen SARS-CoV-2 pozitif vaka sayısıyla korelasyon için kanalizasyondaki SARS-CoV-2 titrelerini belirlemek için nicel polimeraz zincir reaksiyonu (qPCR) kullanır.

reklam
Çalışma: AB Kanalizasyon Nöbetçi Sistemi kapsamında atık sudaki SARS-CoV-2 varyantlarının pan-Avrupa çalışması.  İmaj Kredisi: People Image Studio / Shutterstock

Bununla birlikte, belirli bir bölgede dolaşan SARS-CoV-2 genomik varyantlarını belirlemek için genomik epidemiyoloji ve WBE’nin birleşik potansiyelini kullanan çok az çalışma mevcuttur. Bu nedenle, yakın tarihli bir çalışmada araştırmacılar, SARS-CoV-2 varyantlarının çeşitliliği ve topluluk düzeyinde ilişkili mutasyonlar hakkında bilgi toplamak için atık su örneklerinin yeni nesil dizilimini (NGS) değerlendirdi.

reklam

Ön baskı olarak yayınlanan yeni bir çalışmada, medRxiv* sunucu, Almanya, İtalya ve Hollanda’dan araştırmacılar, SARS-CoV-2’nin bolluğu ve VOC’lerle ilişkili mutasyonların profili hakkında benzeri görülmemiş bir fikir sağlamak için genomik ve atık su bazlı epidemiyolojiyi (WBE) entegre etmenin faydasını gösterdi (yani, B .1.1.7, B.1.351, P.1 ve B.1.617.2) atıksu numunelerinde.

Belirli AA mutasyonlarıyla ilişkili okumaların bolluğuna dayanarak VOC’lerin göreceli bolluğunu belirledik.” araştırmacıları yaz.

SARS-CoV-2 için AB Kanalizasyon Sentinel Sistemi çatısı altında bir pan-Avrupa çalışması yürüttüler. Araştırmacılar bunun, atık su örneklerinin yeni nesil dizilimi (NGS) tarafından sağlanan bilgileri değerlendiren “HERA İnkübatörü” olarak adlandırılan şeyin doğrudan bir sonucu olduğunu söylüyorlar.

Araştırmacılar bu araştırmayı 54 belediye de dahil olmak üzere 20 Avrupa ülkesindeki atık su arıtma tesislerinden toplanan atık su akışı 24 saatlik kompozit numuneleri üzerinde gerçekleştirdi. 10 kişiden numune topladılarinci 30’a kadarinci Mart, 2021.

Araştırmacılar, klinik sıralama verilerini (pozitif vakalar ve mutasyon dizilerinin göreceli bolluğu açısından) kullanarak 20 Avrupa ülkesinde COVID-19’un yaygınlığının bir resmini sundular ve ardından bunu atık su örneklerinden elde edilen verilerle ilişkilendirdiler.

İlginç bir şekilde ekip, atık su örneklerinde VOC’lerle (633 mutasyon) ilişkili mutasyonları tespit etti. Örneğin, W131C mutasyonu yalnızca Danimarka’dan alınan atık su örneklerinde tespit edildi; iyon kanalı oluşumuna yardımcı olduğu bulunan ve böylece virüsün enfektivitesini destekleyen ORF3a’daki önemli mutasyonlardan biridir. Benzer şekilde, yalnızca Litvanya’dan alınan numunelerde tanımlanan ve klinik hasta numunelerinde bildirilen yüksek A220V sayısına karşılık gelen A220V mutasyonunu bildirdiler.

Yirmi Avrupa ülkesinde yirmi altı ORF1ab mutasyonu, on dört başak proteini, sekiz nükleokapsid (N) proteini, altı ORF8 ve üç ORF3 mutasyonu, mekansal ve zamansal çeşitlilik sergileyen baskın mutasyonlar arasındaydı.”

D614G mutasyonu ve P681H gibi mutasyonlar hem klinik hem de atık su numunelerinde baskındı ve klinik ve atık su sıralama verileri arasında tutarlı olmak için genomik varyantların modelini ve VOC’lerin bolluğunu gösterdi.

Özellikle, araştırmacılar, atık su sıralama verilerinin, klinik verilerde baskın olarak bildirilmeyen genomik varyantları da ortaya çıkardığını gözlemlediler. Bu bulgular, atık su sıralama verilerinin topluluk düzeyinde mutasyonların yaygınlığı hakkında yeni bilgiler sağlayabileceği fikrini desteklemektedir.

Atık su örneklerinin çoğunda, örneklenen bölgelerde bu mutasyonları içeren SARS-COV-2 varyantlarının dolaşımı için kanıt sağlayan yüksek oranda ORF8 mutasyonu (yani Q27stop, R52I) tespit ettik.

Bu çalışma, atık sudaki SARS-CoV-2 dizilemesinin mutasyonların yaygınlığı hakkında klinik verilerin yanı sıra ek bilgiler sağlayabileceğini vurgularken, araştırmacılar bu dizileme sürveyansının tamamlayıcı olarak kabul edilmesi gerektiğini öne sürüyorlar.

Bu çalışma, atık su örneklerinde VOC’ler ile ilişkili SARS-CoV-2 mutasyon profillerinin gözetiminin NGS kullanılarak mümkün olduğunu açıkça göstermektedir ve ayrıca klinik epidemiyolojik araştırmaları güçlendiren değerli bilgiler sağlamaktadır. Araştırmacılar, üretilen verilerin atık su örneklerinden SARS-CoV-2 genomunun yeterli bir kapsamını elde etme olasılığını da sunduğunu yazıyor.

*Önemli uyarı

medRxiv hakemli olmayan ön bilimsel raporlar yayınlar ve bu nedenle kesin olarak kabul edilmemeli, klinik uygulamaya/sağlıkla ilgili davranışlara rehberlik etmemelidir veya yerleşik bilgi olarak ele alınmamalıdır.

Dergi referansı:

.


news-medical.net

Source link

reklam
reklamm

Bir cevap yazın

E-posta hesabınız yayımlanmayacak. Gerekli alanlar * ile işaretlenmişlerdir

reklam
Başa dön tuşu

Reklam Engelleyici Algılandı

Lütfen Reklam Engelleyiciyi Kapatınız